Лесной отдел организует охрану всей территории и руководит деятельностью 7 лесничеств: Березинского, Рожнянского, Домжерицкого, Крайцевского, Терешкинского, Заречного, Паликского. Вся территория заповедника поделена на кварталы площадью около 100 га с просеками, на пересечении которых установлены квартальные столбы с нумерацией. Меньшие номера указывают на север, а большие — на юг. Квартал – это минимальная организационная единица в лесном хозяйстве, вокруг которой проводится комплекс мероприятий. Работу лесников организуют лесничие и их помощники, в штат лесничеств также входят инспекторы, мастера и лесники, осуществляющие обход территорий. Обход – это несколько лесных кварталов, средняя площадь которых составляет 1370 га (т.е. ~ 13 км 2). Рабочий день лесника начинается с обхода контролируемой им территории. В заповедной зоне сбор грибов и ягод разрешается только местным жителям. Разрешение на рыбную ловлю кроме них имеют и лица, проживающие в гостинице, гостиничных домиках. На нарушителей заповедного режима составляются протоколы, добытая продукция изымается. После составления протокола решается вопрос о мере наказания. Для нужд местного населения разрешается уборка захламленности, сухостойных, ветровальных и буреломных деревьев. Охрану территории заповедника осуществляет отдел охраны леса и лесного хозяйства, а также отдел охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при активной помощи других специалистов заповедника. Штат лесной охраны насчитывает в совокупности 159 человек. Непосредственная охрана территории заповедника осуществляется лесниками и мастерами леса под руководством лесничих. Наряду с индивидуальной охраной обходов и рейдами патрулей используются дозоры, засады, дежурства. Культурно-просветительная работа по пропаганде идей охраны природы и заповедного дела в основном сосредоточена на центральной усадьбе заповедника в поселке Домжерицы. Наиболее распространенными нарушениями являются ловля рыбы на реке Березине и озерах, а также сбор ягод.
