По сравнению с центральным местное управление имело более сложную структуру. Основной административной единицей был уезд с городом (в конце XVII в. Насчитывалось 146 уездов). Уезды управлялись воеводами, стоявшими во главе приказных или съезжих изб. По оценке М. Н. Тихомирова, «избы представляли собой настоящие учреждения», так как имели присутствия, канцелярии, и достаточно сложную отраслевую структуру: в больших городах они делились на столы, а в других городах — на повытья. Так, в 1650-е гг. В Псковской съезжей избе было четыре стола: Разрядный, Денежный, Поместный и Судный. В крупных городах воеводами были члены Боярской думы, в остальных — дворяне средних и низших чинов. Воеводы присылались из Москвы, вместе с ними из московских приказов командировались дьяки или опытные подьячие ( «подьячие с приписью». Т. Е. Имеющие право подписи). В результате не существовало резких отличий в уровне подготовки служащих центральных и местных учреждений, как это наблюдалось в последующий период. Воеводы назначались на срок от 1 до 3 лет и во время исполнения должности обладали достаточно большой долей самостоятельности. Правительство осознавало, что в «Наказах», служивших воеводам руководством к действию, нельзя предусмотреть все нестандартные ситуации и предписывало им в таких случаях действовать по собственному разумению: «как вам милосердный Бог поможет» или «как вас милосердный Бог известит» .