При жизни Ивана Грозного условия соглашения все же соблюдались, и он, несмотря на свою жестокость, в памяти башкирского народа остался как добрый, «белый царь» (башк. Аҡбатша). С приходом к власти дома Романовых в XVII веке политика царизма в Башкортостане сразу же стала меняться в худшую сторону. На словах власти заверяли башкир в своей верности условиям соглашения, на деле — встали на путь их нарушения. Это выразилось, в первую очередь, в расхищении вотчинных башкирских земель и строительстве на них застав, острогов, слобод, христианских монастырей, линий. Видя массовое расхищение своих земель, нарушение исконных прав и свобод, башкиры поднимались на восстания в 1645, 1662—1664 гг., 1681—1684 гг., 1704-11/25 гг. Царские власти были вынуждены удовлетворить многие требования восставших. После башкирского восстания 1662—1664 гг. Правительство еще раз официально подтвердило вотчинное право башкир на землю. В период восстания 1681—1684 гг. — свободу исповедания ислама. После восстания 1704-11 гг. (посольство от башкир вновь присягнуло на верность императору только в 1725 г.) — подтвердило вотчинные права и особый статус башкир и провело судебный процесс, закончившийся осуждением за превышение полномочий и казнью правительственных «прибыльщиков» Сергеева, Дохова и Жихарева, требовавших с башкир налоги, не предусмотренные законодательством, что и послужило одним из поводов к восстанию. В ходе восстаний башкирские отряды достигали Самары, Саратова, Астрахани, Вятки, Тобольска, Казани (1708 г.) и гор Кавказа (при неудачном штурме своими союзниками — кавказскими горцами и русскими казаками-раскольниками, Терского городка, был пленен и позже казнен один из предводителей башкирского восстания 1704-11 гг., Султан Мурат). Людские и материальные потери были огромны. Самым тяжелым по потерям для самих башкир является восстание 1735—1740 гг., в ходе которого был избран хан Султан-Гирей (Карасакал). В ходе данного восстания многие наследные земли башкир были отняты и переданы служилым мещерякам[58]. По подсчетам американского историка А. С. Доннелли, из башкир погиб каждый четвертый человек.[59][60]Следующее восстание разразилось в 1755-1756 гг. Поводом послужили слухи о религиозных гонениях и отмена легкого ясака (единственного налога на башкир; ясак брался только с земли и подтверждал их статус вотчинных землевладельцев) при одновременном запрете бесплатной добычи соли, которую башкиры считали своей привилегией. Восстание было блестяще спланировано, но сорвалось из-за спонтанного преждевременного выступления башкир рода Бурзян, убивших мелкого чиновника — взяточника и насильника Брагина. Из-за этой нелепой и трагической случайности планы одновременного выступления башкир всех 4 дорог, на этот раз — в союзе с мишарями, и, возможно, татарами и казахами, оказались сорваны. Наиболее известным идеологом этого движения был ахун Сибирской дороги Башкортостана, мишарь Габдулла Галиев (Батырша). В плену мулла Батырша написал свое знаменитое «Письмо императрице Елизавете Петровне», дошедшее до наших дней как интересный образец анализа причин башкирских восстаний их участником. При подавлении восстания, ряд участвовавших в восстании эмигрировали в Киргиз-Кайсацкую Орду.[58]
